Первый - siteName.ru, второй - alpha.siteName.ru ..
а вот так вот вообще можно? 
server_name ~^(www\.)?(?<domain>.+)$;   <---- это правильно?
location / {
     if($domain ="alpha")       { 
         root        "C:\aaaa";
     }
     else{
           root        "C:\bbb";
    }
}
Posted at Nginx Forum: http://forum.nginx.org/read.php?21,252697,252717#msg-252717