Да, спасибо, я тоже думаю, что это первое на что надо обратить внимание, поставил ежеминутный mtr до origin в cron, но интересно, что это возникает только в моменты пиковой нагрузки, и приблизительно в одно и то же время. Posted at Nginx Forum: https://forum.nginx.org/read.php?21,283083,283092#msg-283092