Если сделать запись вида location /dir { root /root; } то при дёргании /dir/file идёт попытка отдать /root/dir/file, хотя мне кажется логичным, что в данной ситауции должен отдаваться /root/file. Ну или хотелось бы увидеть какую-нибудь директиву отличную от root, которая позволяла бы такое. Можно с симлинками, конечно, выкрутить, но некрасиво это как-то. :-)