Все зависит от конкретной ситуации, когда ддосили достаточно большой армией дружественный проект, мы сделали перловый модуль, а потом и скрипт, который по типу браузера отлавливал бота (да, такие вот тупые ботоводы) и отправлял в бан. Но это было временное решение, позволяющее проекту "не упасть", в итоге не обошлось без просьб выделить цисковскую железку у ДЦ.