В итоге выяснили что причина скачков во времени была в самом таймере используемом в Linux. Подробности тут: http://lkml.org/lkml/2007/8/23/96 TSC заменили на HPET. На лету это делается в /sys/devices/system/clocksource/... В загрузчике при помощи clocksource=hpet Игорь, еще раз спасибо за помощь.