Есть идея для выделений в server_name и location использовать специальные
имена %N и @N:
  server {
     server_name ~^(\w+)\.intrasearch\.(.+)$;
     root   /usr/local/www/intrasearch-dev/%1;
  location ~ ^/~user(/[^/]+)(.+)$ {
     alias  /homes/@1/public_html at 2;
-- 
Игорь Сысоев
http://sysoev.ru