[code]location ~ ^/upper/(.*\.php)$ {[/code] и что значит звездачка, чисто расширение php, и какой смысл в скобках?
[code]location ~ ^/upper/.+\.php$ { }[/code]
и
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /path/to/upper/$1;
замени на
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /path/to/upper$fastcgi_script_name;
Posted at Nginx Forum: http://forum.nginx.org/read.php?21,94033,94060#msg-94060