use

[Un Lexx]

моя хата с краю конечно но

>я подробно объяснил в своем исходном сообщении
действительно проблемы вы расписали  :

> для того, чтобы видеть полный конфиг - надо будет постоянно
>переключаться между несколькими конфигурационными файлами,

т.е. в инклудах вас не устраивает то что вы не знаете  что написано
внутри этого инклуда


>увеличивает количество конфигурационных файлов в несколько раз.
>что также затрудняет легкость понимания конфигурации nginx.

и то что требуется делать организацию файлов(инклудов) по файловой системе

на мой взгляд первую проблему решает внятное именование инклудов
вторая проблема действительно требует трудовой и проф дисциплины и ее
упрощение или окончательное решение было бы отлично.