Нужно, чтобы nginx сначала искал шапку в папке /var/www/cache/data/www/имясайта/templates/имяшаблона/, если там нет, тогда в папке /var/www/system/data/www/system.com/templates/имяшаблона/. Posted at Nginx Forum: http://forum.nginx.org/read.php?21,212026,212029#msg-212029