В результате поисков в гугл нашёл пару схожих случаев у людей: http://serverfault.com/questions/227502/millions-of-syn-recv-connections-no-ddos Но крайне мало. Сводится всё к тому что это не в nginx дело, а в ядре. Posted at Nginx Forum: http://forum.nginx.org/read.php?21,180996,181523#msg-181523