На SE zzzit вывод сделал неверный. Вы само показывали что у вас там всего 3 тыс файлов. Так что ищите дальше. Тем более что при рестарте nginx файлы не удаляются. Posted at Nginx Forum: http://forum.nginx.org/read.php?21,259382,259385#msg-259385