Проблема обнаружена: директива ssl_protocols [SSLv2] [SSLv3] [TLSv1] [TLSv1.1] [TLSv1.2]; работает глобально, а не для каждого отдельного сайта. Придётся прописывать всё в общем конфиге. Posted at Nginx Forum: http://forum.nginx.org/read.php?21,261349,261355#msg-261355