1) при чём тут nginx? Вообще никаким боком ведь. 2) у php-fpm конфиг находится в зависимости от дистрибутива (везде градус упорина мейнтейнеров разный), но на сколько я помню, в phpinfo() можно посмотреть местоположение "системного" (для этого инстанса php) php.ini и "юзерского" (локального, как .htaccess в оффтопике)