Есть предположение, что у вас падают воркеры. А кеш менеджер думает, что файл еще занят им. Плюс, мы не можем зарепродюсить данную проблему на el7. Хотя на el6 без проблем - достаточно лишь kill -9 воркера Posted at Nginx Forum: https://forum.nginx.org/read.php?21,271068,272018#msg-272018