Здравствуйте, Igor.
Опишу ситуацию коротко, надеюсь, что получится понятно.
В nginx настроен auth_basic модуль для авторизации.
в конфиге есть location /cgi/ с proxy_pass на апач.
необходимо, чтобы perl-скрипты запускаемые под апачем получали
$ENV{REMOTE_USER}.