Вообще то так и должно быть. В нормальной ситуации nginx сообщения от fastcgi с stdout отправляет клиентам, а с stderr пишет в лог. Все записи в логах nginx'а о ошибках в php начинаются с "FastCGI sent in stderr:", что как бы намекает. Posted at Nginx Forum: http://forum.nginx.org/read.php?21,223953,223956#msg-223956